Theo các tài liệu lịch sử, vùng đất Cù Lao Dung từng được nhắc đến với nhiều tên gọi khác nhau trong quá trình hình thành và phát triển của tỉnh Sóc Trăng. Thời nhà Nguyễn, Cù Lao Dung được gọi là Huỳnh Dung Châu (theo di cảo của Trương Vĩnh Ký). Đến nay vẫn chưa có một cách giải thích nào thật đúng về ý nghĩa của tên gọi Huỳnh Dung Châu. Nhiều nhà phân tích cho rằng đây là thói quen đặt tên theo Hán tự của các quan lại trong triều nhà Nguyễn, đôi lúc cách này không hàm chứa được những ý nghĩa thực của vùng đất đó.
Trong khi đó, người bản địa gọi vùng đất này là Cù Lao Vuông, có nghĩa là dãy đất nổi giữa sông có hình thù vuông vức. Nhưng khi đối chiếu với bản đồ địa lý tỉnh Sóc Trăng được vẽ ra từ năm 1909, thì hình thể của vùng đất này không hề đúng với thực tế của tên gọi. Do đó, người ta gọi là Cù lao Duông và cho rằng đó là cách gọi của người Khmer muốn chỉ "Cù lao của người Việt", dần dần đọc trại ra thành Cù lao Dung. Giả thuyết này cho rằng trong tiến trình khai phá vùng đất mới, có một bộ phận cư dân Khmer len lỏi vào nội địa của vùng Ba Thắc bằng đường biển và đã dừng chân tại đây để bắt đầu cuộc sống mới.
Trong thời kỳ đầu, vùng đất này còn rất hoang vu, chưa có dấu chân người, là địa bàn trú ngụ của loài cọp vùng đồng bằng sông nước. Thỉnh thoảng, chúng hay mon men xuống mé rạch để săn mồi, đôi khi lại "thả bè" qua Vàm Tấn hoặc vùng giáp ranh với Kế Sách trong một thời gian ngắn rồi chúng kéo nhau trở lại vùng Cù lao làm nơi trú ngụ chính. Vì thế người dân bản địa gọi là Cù lao ông Cọp hoặc là Hổ Châu.
Cù Lao Dung còn có tên gọi khác: Cù Lao Kăk-tunh (có sách viết Koh-tun). Trong quyển “Tự vị tiếng nói Miền Nam”, Vương Hồng Sển giải thích rằng đây là cách gọi của người Khmer, người Kinh phiên ra là Cù Lao Cồng Cộc (hoặc Cù Lao Chàng Bè). Đó là một loài chim chuyên ăn cá, có bộ lông đen, chân dài, thân lớn nhưng thịt ăn không ngon, có biệt tài săn cá rất giỏi. Trong những năm chiến tranh, loài chim này có rất nhiều ở trong vùng nông thôn sâu, vùng bưng biền hoang hoá hoặc các khu vườn tạp. Ngày nay, loài chim này hầu như không còn nữa.
Khi tỉnh Sóc Trăng được thành lập năm 1900, vùng đất Cù lao Dung thuộc quận Bàng Long. Ngày 01-03-1926, quận Bàng Long đổi thành quận Long Phú. Lúc này, Cù lao Dung chỉ có 3 làng là An Thạnh Nhất, An Thạnh Nhì và An Thạnh Tam (3 địa danh này được ghi lại trong Di cảo của học giả Trương Vĩnh Ký) với 3 cửa biển là Định An, Trấn Di (nay là Trần Đề) và Ba Thắc. Qua hàng trăm năm bồi đắp, cửa biển Ba Thắc đã không còn dấu tích, chỉ còn lại con rạch Cồn Tròn, được cho là dấu tích của dòng sông Ba Thắc xưa. Trong thời kỳ "tẩu quốc", Nguyễn Ánh đã có một thời gian khá dài nương náu nơi đây. Con rạch nơi nhà vua trú ngụ được gọi là rạch “Long Ẩn” vẫn còn tồn tại cho đến tận hôm nay.
Sau 30-04-1975, quận Long Phú trở thành huyện của tỉnh Hậu Giang. Ngày 26-11-1991, huyện Long Phú thuộc tỉnh Sóc Trăng. Ngày 11-01-2002, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 04/2002/NĐ-CP, về việc điều chỉnh địa giới hành chính huyện Long Phú để thành lập huyện Cù Lao Dung; thành lập xã, thị trấn thuộc huyện Cù Lao Dung, tỉnh Sóc Trăng. Cụ thể như sau:
- Thành lập huyện Cù Lao Dung trên cơ sở 23.606,29 ha diện tích tự nhiên và 58.031 nhân khẩu của các xã An Thạnh 1, An Thạnh 2, An Thạnh 3 và Đại Ân 1 thuộc huyện Long Phú.
- Thành lập xã An Thạnh Tây trên cơ sở 1.759,55 ha diện tích tự nhiên và 4.620 nhân khẩu của xã An Thạnh 1.
- Thành lập thị trấn Cù Lao Dung (thị trấn huyện lỵ) trên cơ sở 905,7 ha diện tích tự nhiên và 5.148 nhân khẩu của xã An Thạnh 2.
- Thành lập xã An Thạnh Đông trên cơ sở 4.195,84 ha diện tích tự nhiên và 9.159 nhân khẩu của xã An Thạnh 2.
- Thành lập xã An Thạnh Nam trên cơ sở 2.721,1 ha diện tích tự nhiên và 5.509 nhân khẩu của xã An Thạnh 3.
Huyện Cù Lao Dung có 8 đơn vị hành chính gồm các xã An Thạnh 1, An Thạnh 2, An Thạnh 3, Đại Ân 1, An Thạnh Tây, An Thạnh Đông, An Thạnh Nam và thị trấn Cù Lao Dung như ngày nay.
Kinh tế
Cù Lao Dung là huyện giữa sông, ven biển. Đây là vùng có vị trí đặc biệt quan trọng, án ngữ hai cửa sông lớn Định An và Trần Đề. Bao đời nay, người dân Cù Lao Dung sống tập trung ven các kênh rạch, cuộc sống chủ yếu dựa vào sản xuất nông nghiệp. Trong khi đó, diện tích đất nông nghiệp chỉ có khoảng 13.018 ha, một phần trong số đó bị nhiễm phèn, mặn nên việc canh tác càng khó khăn. Mặt khác, do là huyện cù lao, bốn bề sông nước nên hệ thống hạ tầng, đặc biệt là giao thông rất cách trở, gây khó khăn cho việc đi lại, giao lưu buôn bán của bà con. Hiện nay, kết cấu hạ tầng ở Cù Lao Dung còn rất thiếu thốn. Công nghiệp, thương mại chưa phát triển.
Sáu tháng đầu năm 2009, nông dân huyện xuống giống được 11.092 ha màu, lương thực, thực phẩm, đạt 82,16% kế hoạch, trong đó cây mía 7.345 ha, còn lại là hoa màu các loại. Về thủy sản, toàn huyện thả nuôi được 1.456 ha tôm cá các loại, đạt 80,88% kế hoạch, chủ yếu là nuôi cá da trơn, tôm công nghiệp, bán công nghiệp và nuôi quảng canh cải tiến. Tuy nhiên do môi trường nước, thời tiết không thuận lợi và con giống chưa sạch bệnh nên đã có 137 ha tôm bị thiệt hại, đa số là của các hộ dân thả nuôi không đúng lịch thời vụ. Về chăn nuôi, đàn heo của huyện có 16.282 con, đàn bò 2.810 con, đạt 93,66%. Về sản xuất tiểu thủ công nghiệp trên địa bàn huyện, chủ yếu là cưa xẻ gỗ, nước đá, may mặc, sản xuất lương thực, thực phẩm...thu được 9 tỷ 374 triệu đồng, đạt 52,08% kế hoạch.
Năm 2009, lần đầu tiên nông dân Cù Lao Dung trồng thử giống khoai lang Nhật (có tên khoa học là Beniajuma) đạt hiệu quả kinh tế cao. Tính đến hết tháng 07-2009, nông dân trong huyện Cù Lao Dung đã chuyển hơn 400 ha đất trồng mía sang trồng màu thời vụ, trong đó diện tích trồng ngô là 373 ha và bí đỏ là 91 ha, tăng gần 60 ha so với cùng kỳ năm ngoái. Được biết cây ngô tương đối dễ trồng, ít sâu bệnh lại cho năng suất cao rất thích hợp trồng trên những chân ruộng khô của đất cù lao thiếu nước tưới tiêu. Theo tính toán của người nông dân thì việc luân canh cây ngô trên đất trồng mía sẽ cho hiệu quả kinh tế cao gấp 2- 3 lần so với độc canh cây mía trên cùng một đơn vị diện tích, đồng thời tạo được vòng quay cho đất và tiêu diệt được mầm bệnh lưu tồn trong đất để sản xuất các vụ tiếp theo đạt năng suất cao.
Xã hội
Những năm qua, huyện Cù Lao Dung tập trung phát triển cơ sở hạ tầng theo Chương trình 135 của chính phủ để từng bước xoá đói giảm nghèo, phát triển kinh tế - xã hội. Sau 8 năm triển khai Chương trình 135, đến tháng 05-2009, huyện đã hoàn thành 57 công trình, trong đó có 37 công trình giao thông, 6 trạm y tế, 5 trường học, 2 công trình điện và 7 công trình thủy lợi... với tổng vốn đầu tư gần 12,5 tỷ đồng. Song song đó, việc lồng ghép Chương trình 135 với các chương trình, mục tiêu khác như Chương trình 134, các nguồn vốn hỗ trợ sản xuất đã mang lại hiệu quả thiết thực. Nhờ đó, tỷ lệ hộ nghèo giảm còn 16,6%. Ngoài việc quan tâm phát triển kinh tế, Cù Lao Dung còn chú trọng đến công tác từ thiện, nhân đạo. Đến nay, huyện đã huy động nhiều nguồn lực tổng hợp, xây dựng được 832 căn nhà tình thương, mỗi căn trị giá 6 triệu đồng, giúp hàng trăm hộ nghèo “an cư” để dần “lạc nghiệp”. Tuy nhiên, do mới thành lập nên hiện tại, huyện Cù Lao Dung vẫn còn nhiều khó khăn cần giải quyết.